Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Kazuki, Taichi et Sosuke sont amis dans la même école et découvre un livre fantôme qui va les entraîner dans un monde de mystères.
Luca suit les traces de son père pour tirer sa mère des griffes du terrible Ladja, son seul espoir est de trouver le héros céleste qui manie l'épée zénithienne.
Shinichi est devenu plus fort et continue, aidé par Miggy, la parasite ayant pris le contrôle de sa main droite, sa traque sans relâche des parasites pour les exterminer et protéger les humains. Tamiya Ryoko le fait suivre par Kuramori, un journaliste freelance, pour observer son évolution, elle-même développant de plus en plus d’humanisme au fur et à mesure qu’elle élève son bébé Cependant la frange dure des parasites, incarnée par le maire Hirakawa et par Goto, s’inquiète des actes de
Kentaro, un jeune étudiant et sa soeur aînée Keiko se décident à faire des recherches sur leur grand-père Kyuzo Miyabe, tué alors qu’il était dans les Forces Spéciales lors de la seconde guerre mondiale. Leur grand-père Kyuzo Miyabe était terrifié par la mort et obsédé par la vie. Pourquoi a-t-il rejoint les forces spéciales ? Selon ses compatriotes, des soldats marines, Kyuzo Miyabe était un génie et aussi un lâche. Kentaro et Keiko découvrent alors la vérité choquante qui est restée scellée
2199. La galaxie a sombré dans la plus impitoyable des guerres. Les radiations ont rendu la terre inhabitable, et il n’y aura bientôt plus de refuge possible pour l’espèce humaine. Un seul vaisseau peut retrouver la machine de décontamination qui sauverait la Terre d’une extinction inévitable…
