Recrutée par une agence policière secrète et clandestine, "K" a pour première mission de s'infiltrer au sein d'un groupe d'élèves venant d'une des écoles les plus prestigieuses du pays, ceux-ci étant en fait des terroristes anarchistes voulant plonger le Japon dans le chaos. Equipée de son yo-yo d'attaque en métal, elle s'installe alors dans l'université...
Un groupe d'élève se retrouve une nuit à l'école suite à la réception d'un message étrange. À leur arrivé, ils sont accueillis par une fille portant un masque de rat annonçant qu'elle va tous les tuer...
Shiyori vient de rompre avec son petit ami. Pour lui changer les idées, sa meilleure amie, Aiko, lui propose de se rendre à l'auberge d'un étrange village peuplé d'épouvantails...
L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.
