L'amiral Kirk et son "Enterprise" servent désormais de vaisseau d'entraînement pour les élèves pilotes. Envoyé avec M. Spok en mission de routine, il croise la route de son vieil ennemi Khan.
La première navette spatiale commerciale pilotée par le commandant Over est en partance pour la Lune. Dès l'envol, déjà laborieux, les difficultés commencent. Malgré les efforts de sa responsable Elaine, l'ordinateur de bord devient fou. Ted, évadé d'un établissement psychiatrique et membre de l'équipage, prend désormais les commandes en main.
Une entité d'origine extraterrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le Capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux Amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans...
Une famille semble maudite, victime d'une succession d'événements tragiques. La raison de cette sombre destinée pourrait remonter quelques siècles auparavant, lorsqu'un membre de la famille se ligua contre une secte satanique.
