Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!
Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.
Il y a bien longtemps Môryô, un puissant démon, qui avait mené le monde au bord de la destruction, est aujourd'hui ramené à la vie par un être malfaisant. La nouvelle mission de Naruto est de protéger Shion, la prêtresse du Pays du Démon, menacée par Môryô. Elle est en effet la seule capable de sceller son âme maléfique. Elle a aussi un autre don : prédire le destin d'une personne sans jamais se tromper ! Sa dernière prédiction : Naruto va bientôt mourir'. Le seul moyen pour
Cloud Strife, ex-soldat, décide de s'isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur "Mère" pour commencer leur "Réunion", Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.
