La guerre contre le terrorisme a littéralement explosé, le jour où Sarajevo a été détruite par un dispositif nucléaire fait maison, les démocraties les plus importantes se sont transformées en états de surveillance totale et le monde en développement s'est noyé sous une vague de génocides. l'effondrement du système mondial, et il appartient à l'agent de renseignement Clavis Shepherd de suivre John Paul à travers l'épave des civilisations et de trouver le véritable cœur des
Cloud Strife, ex-soldat, décide de s'isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur "Mère" pour commencer leur "Réunion", Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.
Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de
