A year after the events of the first season, a virus Digimon called Diaboromon appears and starts attacking the Internet. The DigiDestined unites once more in order to prevent him from destroying every communications network on the planet.
Deux enfants reçoivent un œuf étrange qui va faire naitre leur tout premier Digimon, conduisant à la nuit qui allait changer leur vie à jamais.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures
Trois courts métrages réalisés par ces mêmes noms qui ont apporté Metropolis, Ninja Scroll, et Akira. Tout commence avec "Labyrinthe labyrinthus", l'histoire d'un labyrinthe dans l'esprit d'un enfant, réalisé par Rintarou. Ensuite Yoshiaki Kawajiri nous donne «Running Man». Il s'agit d'une course de formule futuriste on est mis sur une piste mortelle. Enfin Katsuhiro Ootomo décrit une lutte pour arrêter une installation entièrement automatisée dans «Ordre
Après leur retraite de la bataille de Toba-Fushimi, le Shinsengumi se rend à Kôfu sous le nom de Kôyô Chinbutai. Les combats s'enchaînent et la situation ne fait qu'empirer. Certains éléments en désaccord avec les décisions du commandement, commencent à quitter le Shinsengumi pour suivre leur propre voie... Chizuru a choisi de rester avec le Shinsengumi. Hijikata semble lui aussi avoir pris une décision ferme à ce sujet. Le chemin qu'il a choisi d'emprunter va-t-il
Les énormes accumulations de pollution et autres déchets toxiques ont fini par donner naissance à une monstrueuse créature, le Dragosaure, sorte de monstre à plusieurs têtes qui paraît immortel et invincible. Pour mettre fin aux ravages et cataclysmes que génère le Dragosaure, les armées envoient leurs meilleures machines de combat : 3 super-robots... Goldorak, Great Mazinger et Getter Robot G, tentent alors de stopper la bête. Le Béliorak s'allie à eux pour combattre cet énorme monstre
Motoko and her squad are finally getting closer to Fire-Starter's broker, but things get tense when they're instructed to take a backseat role on a sting operation.
