Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.
Makoto est une jeune lycéenne comme les autres, un peu garçon manqué, pas trop intéressée par l’école et absolument pas concernée par le temps qui passe ! Jusqu’au jour où elle reçoit un don particulier : celui de pouvoir traverser le temps. Améliorer ses notes, aider des idylles naissantes, manger à répétition ses plats préférés, tout devient alors possible pour Makoto. Mais influer sur le cours des choses est un don parfois bien dangereux, surtout lorsqu’il faut apprendre à vivre sans !
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
