Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.
Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.
Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors
Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup
