En l'an 0079 du siècle universel, les humains ont colonisé la zone d'espace située entre la Terre et la Lune. Cependant, l'ambitieuse famille Zabi, dirigeante du duché de Zeon (le groupement de colonies les plus éloignées de la terre) a déclenché une guerre.
Lupin toujours en voyage, vient de dérober des diamants au Brésil. Il use toujours de stratagèmes pour arriver à ses fins en les cachant dans une poupée qui fait route vers son pays en avion. Un plan pourtant simple, mais c'est sans compter le fait qu'une fillette du nom de Fujiko Mine va lui dérober sa poupée. Et pour complexifier un peu plus l'affaire, cette jeune demoiselle est kidnappé et l'avion détourné. Les ravisseurs en ont après la même chose que Fujiko : un livre
Reinhard von Musel, le fils d'un noble pauvre, découvre un jour que sa sœur, Anner Rose, a été vendu à la famille royale. Dans le but de la récupérer, il monte rapidement les échelons dans l'armée avec son ami Siegfried Kircheis.
Ce film met en avant pour la première fois à l'écran le Pokémon légendaire Arceus, qui serait à l'origine du monde. Nos 3 héros arrivent dans la région de Michina et s'arrêtent pour faire une pause dans la rivière en se baignant. Des pastèques apparaissaient, alors que Aurore et Sacha tentaient de les prendre, deux dresseurs arrivaient et leurs confirmait que les pastèques leurs appartiennent mais qui ont été égarées par le courant de l'eau.
L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…
En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
