Dans la ville minière de Hakoniwa, vivent une fille nommée Kagari qui dessine des cartes et son ami d'enfance Yuya qui rêve de quitter ces mines. En effet, l’endroit est un véritable labyrinthe en perpétuel évolution et les accidents de puits qui sévissent de plus en plus souvent ne laissent rien supposer de bon pour l’avenir. Kagari l’ignore, mais le destin de la ville est entre ses mains…
Le destin place sur le chemin d'un samouraï une jeune serveuse dont la ville natale a été détruite par un dragon. Il ne cherche pas les ennuis, mais ils vont pourtant le trouver.
Après la guerre, les Atlandiens ont recueilli les Valghiens, créant ainsi une alliance entre les deux peuples. L'eau étant toutefois presque épuisée, une mission de taille en mer Blanche est organisée : trouver l'arbre orbital géant.
La nouvelle étape d'Haruka Nanase pour conquérir le monde est Sydney – un endroit qu'il a visité une fois, un endroit de rêve. Un jour, alors qu'il faisait une courte pause avant son départ, Haruka rencontre par hasard un nageur qui a participé aux championnats nationaux du Japon, et il brûle de relever un défi. Avec les sentiments de ses amis avec qui il a nagé débordant dans son cœur, Haruka s'avance dans un tout nouveau monde. Ce qui l'attend, c'est le champion
Le monde est en grand danger ! Considérant les Alters comme un fléau, l’organisation Humarise a décidé d’éradiquer les détenteurs de ces pouvoirs de la surface du globe. Pour ce faire, elle a placé des bombes exacerbant les Alters, jusqu’à en tuer leurs possesseurs. Tous les super-héros et les apprentis de Yuei sont envoyés à travers le monde pour éviter la catastrophe. Alors que Deku, Katsuki et Shoto suivent Endeavor pour endiguer la menace, Deku se retrouve accidentellement impliqué dans un
Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
La jeune Kurumi éprouve de profonds sentiments pour son ami Haru. Le quotidien des deux adolescents à Kyoto a des apparences paisibles jusqu'au jour où Haru perd la vie dans un accident d'avion. Dévastée par la nouvelle, Kurumi se renferme pour se laisser dépérir. Le robot Q01 va alors être chargé de prendre les traits de Haru afin que la jeune fille reprenne goût à la vie.
