Une nouvelle adaptation du raid d'Entebbe, au cours duquel deux Palestiniens et deux Allemands ont pris un avion en otage et l'ont détourné vers Entebbe (Ouganda). Sur place, ils ont demandé la libération de douzaines de Palestiniens et de prisonniers pro-Palestiniens.
Ethan Hunt tente depuis quelque temps déjà de prouver l'existence du Syndicat, une organisation criminelle puissante qui agit dans l'anonymat et s'efforce par des moyens extrêmes de détruire le système en place. Lorsqu'il obtient enfin une piste, il apprend que l'agence Mission : Impossible a été dissoute. Il devra donc agir sans l'appui et les équipements du gouvernement américain, qui le considère maintenant comme un fugitif. Ses anciens collègues le rejoignent
Un message crypté provenant du passé de James Bond le lance à la poursuite d'un homme à Mexico. Suite au décès de ce dernier, il se rend à ses funérailles en Italie où il rencontre sa défunte femme, Lucia. Des informations qu'elle lui procure lui permettent de s'infiltrer dans la réunion d'une assemblée secrète, connue sous le nom de SPECTRE. Il y découvre que ce groupe représente un grave danger pour le sort de l'humanité. Il s'alliera donc avec la fille d'un
