En 1936, l'armée italienne envahit l'Ethiopie. Le lieutenant Silvestri souffrant d'une rage de dent décide de rejoindre le camp médical le plus proche. Sur sa route, il fait la connaissance d'une jeune éthiopienne.
Le grand-père, trônant dans sa grotte bleue, explique : « L'histoire de Kirikou et la sorcière était trop courte. On n'a pas eu le temps de rapporter tout ce que l'enfant avait accompli. Et il a vraiment accompli de belles et bonnes actions, qu'il ne faudrait pas oublier. Alors, je vous les raconte. ». Et il nous dit comment l'inventif Kirikou est devenu jardinier, détective, potier, marchand, voyageur et médecin, toujours le plus petit et le plus vaillant des héros.
La sorcière Karaba a jeté un terrible sort sur le village : la source est asséchée, les villageois rançonnés, les hommes disparaissent mystérieusement. Mais le minuscule Kirikou, sitôt sorti du ventre de sa mère, veut délivrer le village et découvrir le secret de sa méchanceté.
