Takao, un jeune lycéen qui souhaite devenir cordonnier, sèche les cours et se rend dans un jardin japonais où il s’entraîne à dessiner des chaussures. Il y fait la rencontre de Yukino, une étrange jeune femme qui ne vient dans le jardin que les jours de pluie. Alors qu’ils deviennent de plus en plus proches, la saison des pluies touche à sa fin…
Asuna, jeune écolière solitaire, passe son temps libre à écouter une mélodie qui sort du poste à diode offert en souvenir par son père. Un jour, en se promenant dans la montagne près de chez elle, elle est attaquée par une redoutable créature. Elle est sauvée in extremis par un Shun, un mystérieux garçon disant venir d'un monde lointain. Mais il disparait aussitôt apparu, et Asuna, pour le retrouver, va s'embarquer dans la plus incroyable et la plus dangereuse aventure de sa vie. Par
Takaki et Akari sont deux camarades de classe de l'école primaire. Au cours de leur temps ensemble, ils sont devenus des amis proches. Leur relation est testée lorsque Akari déménage dans une autre ville à cause du travail de ses parents. tout les deux luttent pour conserver leur amitié, alors que le temps et la distance semblent lentement les séparer. Lorsque Takaki découvre qu'il est en train de s'éloigner définitivement, il décide de rendre une dernière à visite à Akari.
Après la Seconde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Alors que l'Hokkaido est annexé par l'Union, les autres îles sont gouvernées par des forces américaines. Trois amis de la zone américaine, fascinés par une énigmatique tour érigée par l'Union, se sont fait la promesse de construire un avion et de lever le voile sur le mystère entourant la tour. Ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparaît...
