Une famille aisée vivant à Los Angeles fait appel à deux jeunes chamans pour sauver leur nouveau-né après avoir été victime d'une série d'événements paranormaux.
C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur
Shiyori vient de rompre avec son petit ami. Pour lui changer les idées, sa meilleure amie, Aiko, lui propose de se rendre à l'auberge d'un étrange village peuplé d'épouvantails...
Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des
