En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Pendant le Bal Royal, Cendrillon et ses compagnons souris découvrent un secret qui pourrait ébranler le monde : le vrai prince a été transformé en souris par la méchante sorcière et le « prince » du bal est en fait un imposteur. À présent, Cendrillon et ses amis vont vivre une nouvelle aventure pour sauver le vrai prince et l'aider à vaincre les forces du mal.
Runt,le louveteau Omega de Kate et Humphrey, part en douce explorer la caverne hantée. Quand il y découvre une louve qui a été mise à l’écart de sa meute, il rassemble tout son courage pour l’aider, et découvre les joies d’être présent pour une amie dans le besoin.
Kate et Humphrey, devenus parents, s'apprêtent à fêter leur premier Noël avec leurs trois louveteaux. Lorsque le plus jeune d'entre eux disparaît, ils décident de se lancer à sa recherche, sous la menace d'une tempête de neige.
Un nouveau Digimon doté de supers pouvoirs sort de son œuf et commence à absorber toutes sortes de données digitales à un rythme effréné. Ce Digimon de l'Internet évolue bientôt vers son milieu, Diabormon, et finit par maîtriser tous les moyens de communication de notre planète. Il prépare alors une explosion nucléaire au Japon. Le temps presse et seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau héros Digimon baptisé Omnimon, peuvent empêcher
