Kosuke et Natsume ont grandi dans le même immeuble et sont amis d'enfance. Un jour d'été, les deux collégiens découvrent un bâtiment sur le point d'être démoli, et se retrouvent soudain en proie à un étrange phénomène, entourés d'un vaste océan à perte de vue ! Pourront-ils rentrer chez eux ? Leur voyage d'adieu commence…
Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la
Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Des personnes dotées de super-pouvoirs sont médiatisées et les exploits de ceux-ci sont suivis par le monde entier grâce à une chaîne télévisée, Hero TV. Ainsi, le trentenaire Kotetsu se révèle être secrètement, Wild Tiger, un superhéros en costume. Cependant, il rejoint la société Apollon Media, et doit faire équipe avec le nouveau mais pas moins charismatique, Barnaby Brooks Jr. Ces deux hommes que tout oppose doivent mettre leur talent au service de la justice et surtout de l'argent.
L’école Osai était un établissement réservé qu’aux filles mais ne l’est plus depuis quelque temps, le corps étudiant est maintenant composé de 524 filles et de 28 garçons. Takatoshi Tsuda est forcé à devenir le vice-président du conseil des étudiants dans lequel il est le seul garçon au milieu d’un groupe de filles.
Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.
Le film AnoHana est un remake de la version animée. Il reprend les mêmes évènements mais du point de Meiko Honma (Menma) et y apporte des révélations et des scènes inédites. Jinta Yadomi, Naruko Anjô, Atsumu Matsuyuki, Chiriko Tsurumi, Tetsudô Hisakawa et Meiko Honma étaient six amis d'enfance passant tout leur temps ensemble. Des années plus tard, la petite bande est séparée depuis longtemps et ne se revoit plus. En effet, Menma a perdu la vie suite à un brusque accident dans une rivière.
