Based on the "2.26 Incident", an attempted coup d'état in Japan 1936, launched by radical ultra-nationalist parts of the military. Several leading politicians were killed and the center of Tokyo was briefly held by the insurgents before the coup was suppressed.
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
Une troupe de militaires réalise des manœuvres et se retrouve entraînée vers un glissement dans le temps suite à une déformation de l'espace temps... Cette armée équipée de jeeps, d'un char, d'un hélicoptère et d'un patrouilleur, atterrit 400 ans en arrière, dans le Japon féodal du XVIe siècle...
La guerre est déclarée entre les clans d'Hiroshima et de Kobe. La violence urbaine s'intensifie provoquant une réaction des citoyens et de la police.
