Hideo, assistant-dessinateur de mangas, n'a pas la vie idéale qu'il espérait. Il gagne peu d'argent, ne parvient pas à faire éditer ses mangas, et sa compagne le met à la porte alors qu'un étrange virus se propage dans tout le pays. Hideo assiste à la destruction de la société japonaise par des infectés et des survivants qui ont pour la plupart abandonné eux aussi toute humanité.
Enfant, le prodige du baseball Jubei Vakyu causa la mort de son père. Devenu l’un des délinquants juvéniles les plus redoutés du Japon, Jubei est jeté en prison et rejoint l’équipe de baseball locale pour vaincre les Black Dahlia, une équipe féminine s’étant juré de décimer chaque équipe adverse dans des torrents d’hémoglobine. Dans l’ombre, l’administration pénitentiaire concocte un plan machiavélique.
Macao, 1640. Sans nouvelles du père Ferreira, un jésuite portugais qui dirigeait une mission au Japon, les prêtres Rodrigues et Garupe convainquent leur supérieur de les laisser partir à sa recherche. Lorsque, dans l’espoir de perpétuer l’œuvre de Ferreira et peut-être même de le retrouver vivant, Rodrigues et Garupe se séparent pour prendre des chemins différents, ils ne se doutent pas des choix déchirants qui les attendent.
