Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Rockman and his friend Netto go undercover and fight Nebula Grey.
The appearance of Mephistomon causes Bio-Merging of Digimon to happen all around the world and it's up to the Tamers to stop him.
Le digimonde était tellement devenu surpeuplé que le super-ordinateur, nommé Yggdrasil, contrôlant le monde digital, ne pouvait plus rien contrôler. Sa solution aurait été d'éradiquer une vaste majorité de Digimon avec un programme nommé Programme X (X-Program). Il a donc choisi un petit pourcentage de Digimon à envoyer dans le nouveau digi-monde pour ensuite annihiler l'ancien digi-monde. Les survivants de l'éradication qui ont réussi à atteindre le nouveau digi-monde ont été
A year after the events of the first season, a virus Digimon called Diaboromon appears and starts attacking the Internet. The DigiDestined unites once more in order to prevent him from destroying every communications network on the planet.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.
Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du
