Jeanne part pour le Japon, à la recherche d'une plante médicinale rare. Lors de ce voyage, elle fait la connaissance de Tomo, un garde forestier, qui l’accompagne dans sa quête et la guide sur les traces de son passé. Il y a 20 ans, dans la forêt de Yoshino, Jeanne a vécu son premier amour.
En raison d'une épidémie de grippe canine, le maire de Megasaki ordonne la mise en quarantaine de tous les chiens de la ville, envoyés sur une île qui devient alors l'Ile aux Chiens. Le jeune Atari, 12 ans, vole un avion et se rend sur l'île pour rechercher son fidèle compagnon, Spots. Aidé par une bande de cinq chiens intrépides et attachants, il découvre une conspiration qui menace la ville.
Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit
