Anna, a shy 12-year-old girl, is sent to spend time with her aunt and uncle who live in the countryside, where she meets Marnie. The two become best friends. But Anna gradually discovers that Marnie is not quite who she appears to be.
Dans une province rurale du nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait depuis des années à Tokyo. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages. L'ancien violoncelliste s'aperçoit qu'il s'agit en réalité d'une entreprise de pompes funèbres, mais accepte l'emploi par nécessité financière.
Jiro est un étudiant en sciences qui n’a jamais eu de petites amies. Il a pris l’habitude de fêter ses anniversaires seul en s’offrant lui-même un cadeau et en déjeunant toujours dans le même restaurant. Mais pour cette année cette habitude ne sera pas respectée car un cyborg aux traits féminins venant du futur vient passer son anniversaire avec lui, avant de repartir quelques heures plus tard. L’année suivante, le cyborg revient cette fois pour lui sauver la vie.
La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d'un garçon de cinq ans, Sôsuke.
Masao s'ennuie. Il habite Tokyo avec sa grand-mère qui travaille toute la journée. Grâce à une amie de cette dernière, Masao rencontre Kikujiro, un yakusa vieillissant avec lequel il part à la recherche de sa mère, qu'il ne connait pas et qui vit au bord de la mer.
