La jeune Kurumi éprouve de profonds sentiments pour son ami Haru. Le quotidien des deux adolescents à Kyoto a des apparences paisibles jusqu'au jour où Haru perd la vie dans un accident d'avion. Dévastée par la nouvelle, Kurumi se renferme pour se laisser dépérir. Le robot Q01 va alors être chargé de prendre les traits de Haru afin que la jeune fille reprenne goût à la vie.
Une énorme sphère vient soudainement de se former en émettant de mystérieuses vagues spirituelles. Suite à ces vagues, une mystérieuses femme apparait. Son but serait Shido et son groupe..
Mitsuha est une lycéenne, la fille du maire d'une petite ville nichée entre les montagnes. Vivant avec sa petite sœur et sa grand-mère, c'est une demoiselle franche qui n'hésite pas à dire qu'elle n'a pas envie de participer aux rituels shinto, ou d'aider son père dans ses campagnes électorales. En fait, elle rêve de pouvoir quitter cette ville où elle s'ennuie, pour partir tenter sa chance à la capitale. Taki est un lycéen, un tokyoïte qui travaille à
