Takao, un jeune lycéen qui souhaite devenir cordonnier, sèche les cours et se rend dans un jardin japonais où il s’entraîne à dessiner des chaussures. Il y fait la rencontre de Yukino, une étrange jeune femme qui ne vient dans le jardin que les jours de pluie. Alors qu’ils deviennent de plus en plus proches, la saison des pluies touche à sa fin…
Takaki et Akari sont deux camarades de classe de l'école primaire. Au cours de leur temps ensemble, ils sont devenus des amis proches. Leur relation est testée lorsque Akari déménage dans une autre ville à cause du travail de ses parents. tout les deux luttent pour conserver leur amitié, alors que le temps et la distance semblent lentement les séparer. Lorsque Takaki découvre qu'il est en train de s'éloigner définitivement, il décide de rendre une dernière à visite à Akari.
Deux prisonniers incarcérés sur "Dead Leaves", une cité-prison nichée sur les restes de la Lune, tentent de s'évader.
