Un jour, « des êtres » étranges débarquent sur Terre et menacent l'humanité d'extinction. Pour éviter cela, Amérique convoque toutes les autres nations (Angleterre, France, Russie, Chine, Allemagne, Japon, Italie et accessoirement Canada) pour une réunion de crise internationale. Malheureusement, l'ennemi est bien plus puissant qu'ils ne l'avaient imaginé…
Le parti de Kazuma est soudainement alerté par une lettre scandaleuse livrée par Yunyun. La lettre leur demandait de venir au village du Crimson Demon Clan. Le groupe se présente et des problèmes surgissent lorsqu'un général ennemi arrive !
Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.
Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs
Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore en activité. Ce groupe est mené par un certain Jed, un individu qui semble étroitement lié à Netero, le président de l'association des Hunters. Ainsi commence une véritable guerre opposant les Hunters à
