Quatre ans après les événements de la série, Aoi Miyamori travaille toujours chez Musashino Animation. Le studio est actuellement dans une situation délicate et notre héroïne se voit confier un projet de long-métrage. Malgré les nombreuses difficultés qui arrivent, Aoi et ses collègues réussiront-ils à finir le film d'animation ?
Tokyo, 2036. Une découverte médicale révolutionnaire vient de faire son apparition. À l'aide de nanomachines, les êtres humains sont désormais promis à une espérance de vie dépassant les 120 ans, libérés de toutes maladies. Une promesse idyllique... pour la poignée de nantis pouvant y accéder. Disparités sociales toujours plus grandes, décadence éthique et morale, pollution... L'envers du décor suggère une évolution de l'humanité bien plus sombre.
