L'invasion des requins continue et frappe New York après un déréglement climatique.
En 4 années passées à protéger la Terre de toutes sortes d'invasions extraterrestres, l'agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men In Black, n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d'un crime étrange impliquant des extraterrestres, l'agence découvre l'existence d'un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l'apparence d'un top-model en lingerie fine,
La communauté noire de Washington vit dans la crainte des gangs, qui rackettent, volent et terrorisent la population. Suppléant dans un lycée, Jeff, qui tente d'enseigner la non-violence à ses élèves, est agressé par des voyous et se fait voler sa contrebasse. Soudain, il est touché par une météorite couleur émeraude. A l'hôpital, il se rend compte qu'il a d'étranges pouvoirs : il voit à travers les murs et peut parler avec son chien. Plus tard, lorsque son père se fait
