Dans la ville minière de Hakoniwa, vivent une fille nommée Kagari qui dessine des cartes et son ami d'enfance Yuya qui rêve de quitter ces mines. En effet, l’endroit est un véritable labyrinthe en perpétuel évolution et les accidents de puits qui sévissent de plus en plus souvent ne laissent rien supposer de bon pour l’avenir. Kagari l’ignore, mais le destin de la ville est entre ses mains…
Ce film d'animation va conclure les événements de la troisième saison sur le cas des "Foxes" poursuivis par l'Unité 1, le mystère du Bifrost ainsi que la bataille opposant Arata à Kei. A noter que le début du film sera une compilation de la troisième saison.
C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur
Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...
