Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.
Le digimonde était tellement devenu surpeuplé que le super-ordinateur, nommé Yggdrasil, contrôlant le monde digital, ne pouvait plus rien contrôler. Sa solution aurait été d'éradiquer une vaste majorité de Digimon avec un programme nommé Programme X (X-Program). Il a donc choisi un petit pourcentage de Digimon à envoyer dans le nouveau digi-monde pour ensuite annihiler l'ancien digi-monde. Les survivants de l'éradication qui ont réussi à atteindre le nouveau digi-monde ont été
Après un peu plus de trois ans de paix, le Digiworld rappelle les enfants qui l'ont autrefois aidés mais les anciens tels que Taichi, Yamato, Izumi, Joe et Mimi sont maintenant au derniers niveaux du collège et n'ont plus vraiment le temps d'aider les Digimons. C'est alors que trois nouveaux Digidestined apparaissent : Daisuke, Miyako et Iori. Tous les trois seront accompagnés par deux anciens Digidestined qui ont le même âge qu'eux : Takeru et Hikari. Ensemble, ils
L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont en voyage à New York quand Hikari ressent une étrange présence. Les adolescents tombent nez à nez avec le Digimon maléfique, puis sur Wallace qui semble être le seul capable de l'arrêter.
A year after the events of the first season, a virus Digimon called Diaboromon appears and starts attacking the Internet. The DigiDestined unites once more in order to prevent him from destroying every communications network on the planet.
Deux enfants reçoivent un œuf étrange qui va faire naitre leur tout premier Digimon, conduisant à la nuit qui allait changer leur vie à jamais.
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.
